1. Căn cứ pháp lý về hoàn thuế GTGT nộp thừa
Theo công văn số 15428/TCHQ-NVTHQ ngày 21/7/2025 của Tổng cục Hải quan, việc xử lý tiền thuế giá trị gia tăng (GTGT) nộp thừa được hướng dẫn rõ ràng theo quy định tại:
- Điều 60 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14
- Thông tư số 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư 39/2018/TT-BTC
Trong đó, người nộp thuế có thể được bù trừ hoặc hoàn trả số tiền thuế GTGT nộp thừa sau khi cơ quan thuế/hải quan xác nhận chính xác số liệu và lý do phát sinh khoản nộp thừa.

2. Quy trình hoàn thuế GTGT nộp thừa mới nhất
✅ Trường hợp 1: Bù trừ thuế
Nếu người nộp thuế có khoản thuế, tiền chậm nộp hoặc tiền phạt phát sinh trong cùng kỳ hoặc kỳ kế tiếp, thì số thuế GTGT nộp thừa sẽ được bù trừ trực tiếp.
✅ Trường hợp 2: Hoàn thuế
Nếu không còn nghĩa vụ thuế để bù trừ, người nộp thuế có quyền đề nghị hoàn trả số thuế GTGT nộp thừa, và cơ quan hải quan/quản lý thuế phải ban hành quyết định hoàn thuế trong 5 ngày làm việc kể từ khi nhận được hồ sơ hợp lệ.
3. Hồ sơ và trách nhiệm của người nộp thuế
Theo Thông tư 38/2015/TT-BTC và Thông tư 39/2018/TT-BTC, người nộp thuế cần:
- Thực hiện kê khai điều chỉnh theo mẫu số 09/QĐHT/TXNK
- Gửi thông báo hoàn thuế theo mẫu số 12/TBKT/TXNK nếu không đủ điều kiện hoàn
- Phối hợp với cơ quan Hải quan để được xác nhận số thuế GTGT nhập khẩu nộp thừa
Cơ quan Hải quan sẽ:
- Kiểm tra thông tin qua hệ thống dữ liệu điện tử
- Ban hành quyết định hoàn thuế nếu hồ sơ hợp lệ
- Cung cấp thông tin cho cơ quan quản lý thuế để cập nhật dữ liệu hoàn thuế
4. STAX hỗ trợ doanh nghiệp xử lý thuế GTGT nộp thừa
Là đơn vị đại lý thuế được cấp phép, STAX hỗ trợ doanh nghiệp:
- Rà soát tờ khai hải quan, xác định số thuế nộp thừa
- Soạn và nộp hồ sơ hoàn thuế theo đúng quy định
- Theo dõi và làm việc với cơ quan Hải quan – Thuế để đảm bảo việc hoàn thuế diễn ra nhanh chóng, chính xác
5. Kết luận
Doanh nghiệp cần theo dõi sát sao các khoản thuế GTGT nhập khẩu để tránh rủi ro nộp thừa. Trong trường hợp đã nộp thừa, hãy thực hiện thủ tục bù trừ hoặc hoàn thuế GTGT theo đúng quy định mới nhất năm 2025.
Nếu cần hỗ trợ chi tiết, hãy liên hệ ngay với STAX – Đại lý thuế chuyên nghiệp đồng hành cùng doanh nghiệp!
Lời cảm ơn từ STAX
STAX chân thành cảm ơn Quý khách hàng, Quý đối tác và toàn thể đội ngũ nhân sự đã luôn tin tưởng và đồng hành trong suốt chặng đường vừa qua. Sự công nhận hôm nay sẽ là động lực để STAX tiếp tục hoàn thiện dịch vụ, nâng cao chất lượng chuyên môn và mang đến nhiều giá trị hơn cho cộng đồng doanh nghiệp Việt Nam.
STAX – Tuân thủ để phát triểnComply to Grow
CÔNG TY TNHH TƯ VẤN & GIẢI PHÁP THUẾ STAX
Địa chỉ: Số 2A, Đường số 7, KP Long Bửu, Phường Long Bình, TP. Hồ Chí MinhMob.: (+84) 0898 132 192
Mail: info@stax.com.vn
Website: www.stax.com.vn