Mục lục:

Hướng Dẫn Hạch Toán Chi Phí Khám Sức Khỏe Cho Nhân Viên Theo Thông Tư 99 Chuẩn Nhất

Tổ chức khám sức khỏe định kỳ cho người lao động không chỉ là chính sách phúc lợi giúp nâng cao sự gắn kết nhân sự, mà còn là nghĩa vụ pháp lý bắt buộc đối với mỗi doanh nghiệp. Tuy nhiên, trong công tác kế toán, việc định khoản chi phí này sao cho đúng quy định pháp luật và tối ưu chi phí thuế TNDN luôn là bài toán đòi hỏi sự chính xác cao.

Khi áp dụng chế độ kế toán theo Thông tư 99/2025/TT-BTC, doanh nghiệp cần hạch toán chi phí khám sức khỏe vào tài khoản nào? Trường hợp vi phạm không tổ chức khám sức khỏe bị xử phạt ra sao và khoản tiền phạt có được tính vào chi phí được trừ khi tính thuế TNDN? Hãy cùng các chuyên gia tài chính – kế toán tại STAX tìm hiểu chi tiết qua bài viết dưới đây.

1. Hướng Dẫn Hạch Toán Chi Phí Khám Sức Khỏe Nhân Viên Theo Thông Tư 99

Căn cứ theo hệ thống tài khoản kế toán hiện hành, Thông tư 99/2025/TT-BTC không quy định một tài khoản riêng biệt để hạch toán chi phí khám sức khỏe. Chi phí khám sức khỏe định kỳ cho nhân viên được bản chất xem là một khoản chi phí phúc lợi của doanh nghiệp.

Tùy thuộc vào nguồn kinh phí chi trả mà kế toán thực hiện định khoản vào các tài khoản kế toán phù hợp:

Trường hợp 1: Hạch toán vào Chi phí quản lý doanh nghiệp

Nếu doanh nghiệp tính khoản chi khám sức khỏe vào chi phí quản lý hoạt động sản xuất kinh doanh, căn cứ vào tính chất của khoản chi bằng tiền khác, kế toán thực hiện hạch toán:

Nợ TK 6428 – Chi phí bằng tiền khác (Chi phí khám sức khỏe định kỳ cho nhân viên).
Có TK 111, 112, 331 – Số tiền đã thanh toán trực tiếp hoặc số tiền còn phải trả cho đơn vị/bệnh viện cung cấp dịch vụ khám sức khỏe.

Trường hợp 2: Chi trả từ Quỹ phúc lợi của doanh nghiệp

Trong trường hợp doanh nghiệp trích sử dụng Quỹ phúc lợi để đài thọ chi phí khám sức khỏe định kỳ cho người lao động, kế toán định khoản như sau:

Nợ TK 3532 – Quỹ phúc lợi (Chi phí khám sức khỏe chi từ quỹ phúc lợi).
Có TK 111, 112, 331 – Số tiền thực tế đã chi trả bằng tiền mặt, tiền gửi ngân hàng hoặc phải trả cho nhà cung cấp dịch vụ y tế.

2. Mức Phạt Khi Không Tổ Chức Khám Sức Khỏe Định Kỳ Cho Người Lao Động Năm 2026

Việc không tổ chức khám sức khỏe cho nhân viên không chỉ làm giảm quyền lợi của người lao động mà còn khiến doanh nghiệp đối mặt với các án phạt hành chính rất nặng. Căn cứ theo quy định tại khoản 2 Điều 33 Nghị định 283/2026/NĐ-CP về xử phạt vi phạm trong lĩnh vực phòng ngừa tai nạn lao động và bệnh nghề nghiệp, mức phạt vi phạm được quy định cụ thể như sau:

2.1. Mức phạt đối với hành vi không tổ chức khám sức khỏe định kỳ

Đối với cá nhân người sử dụng lao động: Phạt tiền từ 1.000.000 đồng đến 3.000.000 đồng trên mỗi người lao động bị vi phạm, tổng mức phạt tối đa không vượt quá 75.000.000 đồng.
Đối với tổ chức, doanh nghiệp: Mức phạt áp dụng bằng 02 lần mức phạt đối với cá nhân (theo quy định tại khoản 1 Điều 7 Nghị định 283/2026/NĐ-CP). Do đó, doanh nghiệp vi phạm sẽ bị phạt từ 2.000.000 đồng đến 6.000.000 đồng trên mỗi người lao động, tổng mức phạt tối đa lên đến 150.000.000 đồng.

2.2. Mức phạt đối với các trường hợp đặc thù khác

Đối với hành vi không tổ chức khám sức khỏe cho người lao động trước khi chuyển sang làm nghề, công việc nặng nhọc, độc hại, nguy hiểm hơn, hoặc sau khi bị tai nạn lao động/bệnh nghề nghiệp đã phục hồi sức khỏe:

Cá nhân: Phạt tiền từ 5.000.000 đồng đến 10.000.000 đồng cho mỗi người lao động, tối đa không quá 75.000.000 đồng.
Tổ chức, doanh nghiệp: Phạt tiền từ 10.000.000 đồng đến 20.000.000 đồng cho mỗi người lao động, tối đa không quá 150.000.000 đồng.

2.3. Biện pháp khắc phục hậu quả

Bên cạnh việc nộp phạt tiền, doanh nghiệp còn bị áp dụng biện pháp khắc phục hậu quả: Buộc phải tổ chức khám sức khỏe và khám phát hiện bệnh nghề nghiệp cho người lao động theo đúng quy định. Trường hợp người lao động đã tự bỏ chi phí khám thì doanh nghiệp có trách nhiệm thanh toán lại toàn bộ chi phí này.

3. Tiền Phạt Không Khám Sức Khỏe Có Được Tính Vào Chi Phí Hợp Lý Thuế TNDN?

Đây là câu hỏi rất phổ biến của các kế toán viên khi xử lý các khoản chi phát sinh do vi phạm hành chính.

Căn cứ quy định tại khoản 2 Điều 9 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 về các khoản chi không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN, quy định rõ:

“Khoản tiền phạt do vi phạm hành chính” thuộc nhóm các khoản chi không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.

Như vậy, toàn bộ số tiền phạt vi phạm hành chính do không tổ chức khám sức khỏe hằng năm sẽ KHÔNG được tính vào chi phí hợp lý để tính thuế TNDN.

Lưu ý cho kế toán: Mặc dù khoản tiền phạt này vẫn được ghi nhận là chi phí kế toán trên sổ sách (TK 811), nhưng khi thực hiện quyết toán thuế TNDN cuối năm, kế toán phải chủ động điều chỉnh giảm chi phí được trừ (ghi nhận vào chỉ tiêu B4 trên Tờ khai quyết toán thuế TNDN) để tránh rủi ro bị truy thu và phạt thuế khi cơ quan thuế thanh kiểm tra.

Xem thêm: Khoản Chi Khám Sức Khỏe Định Kỳ Có Tính Thuế TNCN Không?

4. Giải Pháp Quản Lý Chi Phí Kế Toán – Thuế Tối Ưu Cùng STAX

Việc nắm vững các quy định hạch toán theo Thông tư 99/2025/TT-BTC cũng như hệ thống pháp luật thuế TNDN 2025 và Nghị định 283/2026/NĐ-CP sẽ giúp doanh nghiệp chủ động trong quản trị tài chính, đảm bảo quyền lợi cho người lao động và tránh các khoản phạt không đáng có.

Nếu doanh nghiệp của bạn đang gặp khó khăn trong việc:

Cập nhật và áp dụng chế độ kế toán mới theo Thông tư 99/2025/TT-BTC.
Lập hồ sơ, chứng từ hợp lệ cho các khoản chi phí phúc lợi, khám sức khỏe nhân viên để được tính là chi phí hợp lý.
Quyết toán thuế TNDN và rà soát rủi ro pháp lý về lao động – tiền lương – BHXH.

STAX tự hào mang đến giải pháp Dịch vụ Kế toán – Tư vấn Thuế trọn gói, đồng hành cùng sự phát triển bền vững của doanh nghiệp. Đội ngũ chuyên gia giàu kinh nghiệm của STAX sẽ giúp bạn tối ưu quy trình kế toán, kiểm soát chi phí hiệu quả và tuân thủ tuyệt đối quy định pháp luật.

Lời cảm ơn từ STAX

STAX chân thành cảm ơn Quý khách hàng, Quý đối tác và toàn thể đội ngũ nhân sự đã luôn tin tưởng và đồng hành trong suốt chặng đường vừa qua. Sự công nhận hôm nay sẽ là động lực để STAX tiếp tục hoàn thiện dịch vụ, nâng cao chất lượng chuyên môn và mang đến nhiều giá trị hơn cho cộng đồng doanh nghiệp Việt Nam.

STAX – Tuân thủ để phát triển

Comply to Grow

CÔNG TY TNHH TƯ VẤN & GIẢI PHÁP THUẾ STAX

Địa chỉ: Số 2A, Đường số 7, KP Long Bửu, Phường Long Bình, TP. Hồ Chí Minh
Mob.: (+84) 0898 132 192
Mail: info@stax.com.vn
Website: www.stax.com.vn