Trên Phần Mềm HTKK 5.7.9 Đã Có Tờ Khai 01/GTGT Theo Thông Tư 89 Chưa? Hướng Dẫn Chi Tiết Cho Doanh Nghiệp

Ngày 07/10/2026, Cục Thuế đã chính thức thông báo nâng cấp ứng dụng Hỗ trợ kê khai (HTKK) lên phiên bản 5.7.9 nhằm đáp ứng các quy định mới tại Thông tư 89/2026/TT-BTC. Đợt nâng cấp này diễn ra đúng vào thời điểm các doanh nghiệp chuẩn bị bước vào kỳ kê khai thuế Quý 3/2026, khiến không ít kế toán băn khoăn: Liệu trên phần mềm HTKK 5.7.9 đã có mẫu Tờ khai 01/GTGT theo Thông tư 89 hay chưa?

Cùng STAX tìm hiểu chi tiết câu trả lời cùng hướng dẫn xử lý hồ sơ kê khai đúng quy định pháp luật qua bài viết dưới đây.

1. Trên phần mềm HTKK phiên bản 5.7.9 đã có tờ khai 01/GTGT theo Thông tư 89 chưa?

Câu trả lời trực tiếp là: Trên phần mềm HTKK phiên bản 5.7.9 của Cục Thuế vẫn CHƯA có tờ khai 01/GTGT theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Cụ thể, ứng dụng HTKK 5.7.9 được nâng cấp ngày 07/10/2026 để đáp ứng Thông tư 89/2026/TT-BTC (ban hành ngày 30/06/2026, quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP). Tuy nhiên, trong danh sách các mẫu biểu hồ sơ thuế được bổ sung và nâng cấp ở phiên bản này, Cục Thuế chưa đưa mẫu Tờ khai 01/GTGT mới vào hệ thống.

2. Danh sách các mẫu hồ sơ thuế được nâng cấp trong phần mềm HTKK 5.7.9

Mặc dù chưa cập nhật mẫu Tờ khai 01/GTGT mới, phiên bản HTKK 5.7.9 đã đáp ứng yêu cầu kê khai, nộp nhiều mẫu hồ sơ quan trọng khác theo quy định tại Thông tư 89/2026/TT-BTC bao gồm:

Các mẫu tờ khai được nâng cấp theo Thông tư 89/2026/TT-BTC:

• Thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN): Tờ khai thuế TNDN theo các mẫu số 02/TNDN, 04/TNDN, 05/TNDN, 07/TNDN.
• Thuế của tổ chức khai thay: Tờ khai mẫu số 01/TCKT.
• Thuế nhà thầu nước ngoài: Tờ khai mẫu số 01/NTNN, NCCNN; Tờ khai quyết toán thuế nhà thầu nước ngoài mẫu số 02/NTNN, 04/NTNN.
• Các loại tờ khai khác: Tờ khai thuế mẫu số 01/XSBHDCMG-CNKD và mẫu số 06/TNCN.

Nâng cấp ứng dụng cập nhật một số nội dung phát sinh:

• Thuế Thu nhập cá nhân (TNCN): Tờ khai mẫu số 04/ĐTV-TNCN (theo Thông tư 80/2021/TT-BTC).
• Tờ khai bổ sung: Cập nhật ứng dụng tổng hợp đúng dữ liệu thay đổi của phụ lục PL 04-1/ĐTV-TNCN lên phụ lục 01-1/KHBS.
• Bộ Báo cáo tài chính năm: Áp dụng theo Thông tư 200/2014/TT-BTC.
• Cập nhật ràng buộc năm báo cáo: Hệ thống cho phép năm báo cáo có thể bằng “năm của đến ngày” hoặc bằng “năm của”.

Lưu ý quan trọng từ STAX: Bắt đầu từ ngày 07/10/2026, khi lập hồ sơ khai thuế liên quan đến các nội dung nâng cấp nêu trên, người nộp thuế phải bắt buộc sử dụng các chức năng kê khai tại ứng dụng HTKK 5.7.9 thay cho các phiên bản trước đây.

3. Hướng dẫn nộp Tờ khai thuế GTGT Quý 3/2026 khi HTKK chưa cập nhật mẫu mới

Sự chênh lệch giữa thời điểm hiệu lực của văn bản pháp luật và thời điểm cập nhật phần mềm khiến nhiều doanh nghiệp lúng túng khi lập tờ khai thuế GTGT Quý 3/2026. STAX xin tóm tắt các quy định pháp lý chuyển tiếp để doanh nghiệp an tâm thực hiện:

Nguyên tắc chung theo Thông tư 89/2026/TT-BTC:

• Căn cứ Điều 100 Thông tư 89/2026/TT-BTC, đối với hồ sơ khai thuế có kỳ tính thuế trước ngày 01/07/2026, người nộp thuế thực hiện theo mẫu biểu áp dụng trước thời điểm Thông tư 89 có hiệu lực.
• Đối với các hồ sơ khai thuế có kỳ tính thuế sau ngày 01/07/2026 thì sẽ áp dụng mẫu biểu theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.
• Kỳ khai thuế Quý 3/2026 (từ 01/07/2026 đến hết 30/09/2026) thuộc kỳ tính thuế sau ngày 01/07/2026. Do đó, về mặt pháp lý, người nộp thuế phải nộp Tờ khai thuế GTGT Quý 3/2026 theo Mẫu 01/GTGT ban hành kèm Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Hướng dẫn xử lý thực tế từ Cục Thuế:

Trường hợp đến thời hạn kê khai nhưng Hệ thống thông tin quản lý thuế chưa cập nhật mẫu biểu mới theo Thông tư 89/2026/TT-BTC, người nộp thuế vẫn được nộp Tờ khai 01/GTGT theo Thông tư 80/2021/TT-BTC cho đến khi cơ quan thuế có thông báo chính thức về việc áp dụng thống nhất mẫu mới trên hệ thống.

Ngoài ra, các quyết định, thông báo của cơ quan thuế đã ban hành trước thời điểm Thông tư 89 có hiệu lực vẫn tiếp tục được thực hiện cho đến khi hết thời hạn hoặc hết hiệu lực. Các thủ tục kết nối, chia sẻ thông tin giữa cơ quan thuế với các cơ quan nhà nước có thẩm quyền tiếp tục thực hiện theo phương thức điện tử hiện hành cho đến khi có thông báo chính thức mới.

4. Các trường hợp người nộp thuế phải nộp tiền chậm nộp thuế theo Luật Quản lý thuế 2025

Để tránh rủi ro phát sinh chi phí tiền chậm nộp trong quá trình kê khai và nộp thuế, doanh nghiệp cần nắm rõ 9 trường hợp phải nộp tiền chậm nộp theo quy định tại khoản 1 Điều 16 Luật Quản lý thuế 2025:

1. Chậm nộp tiền thuế: Người nộp thuế chậm nộp tiền thuế, khoản thu khác so với thời hạn nộp hoặc thời hạn gia hạn nộp quy định tại Điều 14 Luật Quản lý thuế 2025.
2. Khai bổ sung hồ sơ: Khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm tăng số tiền thuế phải nộp hoặc làm giảm số tiền thuế đã được miễn, giảm, hoàn, không thu.
3. Thanh tra, kiểm tra phát hiện thiếu: Cơ quan thuế hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra phát hiện khai thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc phát hiện số tiền thuế đã hoàn, miễn, giảm, không thu lớn hơn thực tế.
4. Nộp dần tiền thuế nợ: Trường hợp được chấp thuận nộp dần tiền thuế nợ theo quy định tại khoản 6 Điều 48 Luật Quản lý thuế 2025.
5. Trường hợp theo khoản 8 Điều 44: Thuộc các trường hợp quy định tại khoản 8 Điều 44 Luật Quản lý thuế 2025.
6. Trường hợp không bị xử phạt VPHC: Trường hợp không bị xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế theo điểm a khoản 2 Điều 44 đối với hành vi tại khoản 2 Điều 45, hoặc trường hợp tại điểm b khoản 2 Điều 44 Luật Quản lý thuế 2025.
7. Cơ quan/tổ chức ủy nhiệm thu chậm chuyển tiền: Cơ quan, tổ chức được ủy nhiệm thu thuế hoặc được giao quản lý khoản thu NSNN chậm nộp tiền đã thu vào ngân sách.
8. Tổ chức khấu trừ/nộp thay nộp thiếu hoặc chậm: Cơ quan, tổ chức có trách nhiệm khấu trừ, nộp thuế thay nộp không đầy đủ hoặc không đúng thời hạn quy định.
9. Hàng hóa XNK được bảo lãnh: Việc nộp tiền chậm nộp đối với hàng hóa xuất nhập khẩu thuộc đối tượng chịu thuế được tổ chức tín dụng bảo lãnh.

5. Kết luận

Như vậy, khi kê khai thuế GTGT Quý 3/2026 trên phần mềm HTKK 5.7.9, doanh nghiệp hoàn toàn có thể yên tâm tiếp tục sử dụng mẫu Tờ khai 01/GTGT theo Thông tư 80/2021/TT-BTC cho đến khi Cục Thuế có thông báo nâng cấp chính thức. Đối với các mẫu tờ khai TNDN, thuế nhà thầu, TNCN đã được nâng cấp, doanh nghiệp cần lưu ý cập nhật phần mềm lên phiên bản 5.7.9 để thực hiện đúng chuẩn quy định.

💡 Bạn đang gặp vướng mắc trong quá trình kê khai thuế hoặc cần hỗ trợ cập nhật các quy định thuế mới nhất? Hãy liên hệ ngay với đội ngũ chuyên gia của STAX để được tư vấn và hỗ trợ nhanh chóng!

Lời cảm ơn từ STAX

STAX chân thành cảm ơn Quý khách hàng, Quý đối tác và toàn thể đội ngũ nhân sự đã luôn tin tưởng và đồng hành trong suốt chặng đường vừa qua. Sự công nhận hôm nay sẽ là động lực để STAX tiếp tục hoàn thiện dịch vụ, nâng cao chất lượng chuyên môn và mang đến nhiều giá trị hơn cho cộng đồng doanh nghiệp Việt Nam.

STAX – Tuân thủ để phát triển

Comply to Grow

CÔNG TY TNHH TƯ VẤN & GIẢI PHÁP THUẾ STAX

Địa chỉ: Số 2A, Đường số 7, KP Long Bửu, Phường Long Bình, TP. Hồ Chí Minh
Mob.: (+84) 0898 132 192
Mail: info@stax.com.vn
Website: www.stax.com.vn